微生物实验室是中心实验室的基础实验室，目前已完成广东省二级病原微生物实验室备案。主要面向深圳市萨米医疗中心全院医护人员和专职科研人员的微生物相关科研项目研究工作，同时承担部分院外的高校以及部分科研机构的科研合作项目等项目研究工作。实验室目前能够开展研究的病原微生物（病毒、细菌、真菌）有127项，可对其进行分离、纯化、培养、鉴定与检测等操作。

　　主要设备有：显微镜、生物安全柜、超净工作台、厌氧工作站、恒温培养箱、生化培养箱、恒温摇床、超声波细胞粉碎机、酶标仪、紫外可见光分光光度计、超低温冰箱、恒温水浴箱、水平旋转仪、电子天平以及其他实验室常规等仪器设备。